1864年 7月18日
参加禁门之变暗杀象山七日后，就发生了禁门之变 。长洲军以拥有大炮的奇兵队为主力，彦斋和攘夷浪人们也加入了位于天龙寺的别动队，但是最后遭到惨败，久坂玄瑞和真木和泉在天龙山战死，彦斋侥幸活了下来 。并躲进了因州藩的公馆里，并于第三天由御留守居役河田左久马协助取道因播逃往长州 。后来成为被幕府追放的三条实美的护卫 。
1871年 明四事件
明治成立新政府后，由于萨长藩阀政府的专制，政府对外的卑辱态度比幕府时代还严重 。这样的国情使得大半维新志士难以理解，而且明治政府十分排斥中下层的维新志士 。终于，大楽源太郎率领奇兵队以兵制改革为契机，举起了反旗，明治政府由这次事件查出了全国反政府士族的数大联络组织，造成了自安政大狱以来又一次大规模的对下层士族的压制，当时处死刑的据考证超出百人 。而河上彦斋当时以反对政府开国而出名，经常发表反对政府的言语，深受政府嫉恨 。借此良机政府以窝藏国事犯大乐源太郎的罪名而逮捕了河上彦斋，（当时河上彦斋在明治后改名为高田源兵卫）
1871年 刑死
当时同在一所监狱的犯人描述道：在监狱中的河上彦斋，并不像政府描述的那样“像毒蛇一样恐怖”，而是十分的安静，寡言默语 。关于他当时的情形：“人看起来很沉毅，容貌枯瘦，眼瞳深陷，颊骨高耸，说话象妇女一样，总是一副精神不足的样子”后来数名在政府的前维新战友前来劝说他放弃攘夷思想，但河上彦斋此时的攘夷思想十分的坚定 。当时木户孝允害怕夜长梦多（不知这是为何，彦斋再出名也只是一个前“人斩”维新志士罢了）在出使欧洲前特地关注了此事：“彦斋流毒国家，妨碍文明航路，在我归国以前一定要将其处刑”
明治四年十二月四日，河上彦斋被押赴刑场 。
这是当时他留下的辞世句二首：
“君がため死ぬる骸に草むさば 赤き心の花や咲くらん”、
“かねてよりなき身と思へど大王に つくす心は世に残れかし”
译文：
“为君而陨的枯身生于草中 开出血色的花朵”、
“想起前尘中消逝的生命 为王交瘁的心残存于世间”
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